Sebelum berdirinya SMP Negeri 9 Malang merupakan integrasi dari SMEP II Malang yang bangunan gedungnya adalah hasil sita dari SD Ling Kew WNA Tiong Hwa. Pada masa pemerintahan Orde Lama, sekolah tersebut terkena PP 10. Atas jasa para pemuda Kidul Pasar, berdirilah SMEP Negeri II yang merupakan pengembangan SMEP Negeri di Jalan Arjuno (sekarang SMP Negeri 8 Malang). SMEP Negeri II berdiri sekitar tahun 1960-an.
Pada tahun 1979 SMEP Negeri II diintegrasi dan dilebur menjadi SMP Negeri 9 Malang. Dengan demikian tahun 1979 merupakan tahun berdirinya SMP Negeri 9 Malang hingga sekarang.